洪修平认为“根据我们的研究，现有《坛经》真正有代表性的其实只有敦煌本、惠昕本和契嵩本三种，因为德异本和宗宝本实际上都是属于契嵩本系统的。但由于宗宝本是明代以来的通行本，所以……仍然把它作为一个独立的本子”。

王月清在其注评的《六祖坛经》一书中认为《坛经》在流传过程中，内容不断变化，迄今异本不下十几种，其中最有代表性的有：1. 敦煌本，2. 惠昕本，3. 契嵩本，4. 德异本和曹溪原本，5. 宗宝本。本文从此说，分别介绍这五个版本的概况：

. 敦煌本。

敦煌本是现存最早的《坛经》版本，由于下署“兼受无相戒弘法弟子法海集记”，故而又称“法海本”。郭朋认为：比较起来，法海本《坛经》，基本上确可以说是惠能语录。敦煌写本是《坛经》版本中的主要系统之一，存世的敦煌写本共有六种：旅顺博物馆藏敦煌写经本残片（旅本）；敦煌斯坦因本（斯本）；北京图书馆藏敦煌写本（北本）；敦煌县博物馆本（敦博本）；方广锠发现北京图书馆藏敦煌写本残片（方本）；西夏文写本残片（西夏本）。

. 惠昕本。

惠昕本分上下两卷共十一门，约一万四千余字。该本大约改编于晚唐或宋初，胡适称之为“人间第二最古的《坛经》”，由于它最早发现于日本京都兴圣寺，又称“兴圣寺本”。兴圣寺的惠昕本题为《六祖坛经》，从前面的“依真小师邑州罗秀山惠进禅院沙门惠昕述”的署名可知此本的编者为晚唐（或说宋初）的惠昕和尚，并且他说明了在编纂时对《坛经》有所削删。

. 契嵩本。

全称《六祖大师法宝坛经曹溪原本》，约成书于宋仁宗至和三年（1056），一卷计十品，约两万余字，由宋代高僧契嵩改编。现存的是明代的本子，故也称“明藏本”或“曹溪原本”，从宋代工部侍郎郎简所作的《六祖坛经序》中的记载，我们知道这已经不是契嵩改编的那个本子了，为了指称明确，与其他的明藏本区别开来，我们仍约定俗成地称之为契嵩本。序中也介绍了这个本子是契嵩辛辛苦苦觅来的如实记载六祖大师言论的古本，后由工部侍郎郎简出资模印。

. 德异本和曹溪原本。

这两个本子基本上是源出于契嵩本，德异本题名为《六祖大师法宝坛经》，也是一卷十品，从序言中推断刊行于元至元二十七年（1290）。其编撰缘起为：在元代末年，僧人德异声称自己发现了《坛经》古本并着手刊印。杨曾文说：“从明代开始，被称为‘曹溪古本’的，也就是德异本。而德异本，很可能就是契嵩本。”即德异从通上人处得到的“古本”，很有可能是真正的契嵩改编本，假如德异在改编时没再增删，那么这个德异本可能就是契嵩本。

. 宗宝本。

宗宝本几乎是明代以后唯一的流行本，从内容上看，也是属于契嵩改编本这个系统，全本一卷十品，共计约两万多字。约成于元世祖至元二十八年（1291），为元代光孝寺僧人宗宝改编。宗宝将三种《坛经》版本合校，编订了一个新的版本，题名为《六祖大师法宝坛经》，编撰者宗宝在跋文中声明他对《坛经》错讹之处进行了改正，简略之处进行了增补，还明确提到附加了惠能与弟子的问答。根据校对可以看出，宗宝对《坛经》的改动主要在：首先，将古本中四个字的章节名称改为两个字；其次，将古本第一章分为两章，将第九章、第十章合并为一章，在有些章节内，也有部分移动、分割的现象。还有就是对正文有所增加和删减。这些改动当然引起了一些反对和批评，更由于它是明以后最流行的版本，具有不可取代的地位，故而引来的抨击更加强烈。但是我们认为由于宗宝所改编的本子具有品目齐整、语言流畅、通俗易懂、文学色彩浓、可读性强等优点而导致后来流行天下，这对《坛经》深入人心和社会推广都起到了莫大的功效，现在已经成为我们普遍认可的《坛经》版本了，本着尊重历史发展的态度，我们认为宗宝本的学术价值是巨大的。

比较这几个不同的《坛经》版本，我们可以看到，随着时间顺序的推近，《坛经》的字数不断在增加，从唐代的法海本有一万二千字左右到北宋的契嵩本和元代的宗宝本的二万以上的字数，时间越晚，字数越多，这说明了《坛经》在其发展流布中，被惠能门人和惠能后学不断添加增改，最终得以形成现在的面貌。这一点在惠昕和宗宝的序言中都有所交待，其实早在惠能去世后不久，就有修改或篡改《坛经》的现象出现。我们认为历代的篡改这一史实是确凿无疑的，但是，惠能门人及惠能后学出于对禅宗发展的推动、对禅宗南宗地位提升的需要，对《坛经》进行的增改，在今天看来都是合乎情理的，是历史的必然。它们已经成为禅宗禅学不可缺少的有机组成部分，值得我们今天去学习和研究。

另外，关于《坛经》的注疏，历来很多。比较重要的有契嵩的《法宝坛经赞》、天柱的《注法宝坛经海水一滴》五卷、袁宏道的《法宝坛经节录》、李贽的《六祖法宝坛经解》、亘璇的《法宝坛经要解》、益淳的《法宝坛经肯窾》五卷、青峦的《法宝坛经讲义》一卷、丁福保的《六祖法宝坛经笺注》一册等。近年来流行的是中华书局1983年出版的郭朋的《坛经校释》。